O Ministério Público Estadual (MPE) entrou com uma ação civil pública por ato de improbidade administrativa contra o diretor da Agerba, Camalibe Cajazeiras; a Comab Transportes e Serviços Marítimos; a Kaimi Transportes e Serviço Ltda.; a Costa Azul Empreendimentos e Serviços Gerais Ltda.; os empresários Marco Antônio Silveira, Antônio Thamer Butros e Nabih Ubaid; o servidor público federal Paulo Roberto Gonçalves; e o segurança Rudival Gonçalves. A ação, de autoria das promotoras de Justiça da Cidadania Rita Tourinho e Heliete Viana, objetiva a condenação dos acionados pela prática de atos de improbidade administrativa decorrentes da ruinosa e fraudulenta gestão da Comab.
O MP acusa a Comab de descumprir diversas cláusulas constantes no contrato de concessão, gerando a dilapidação do patrimônio público durante os nove anos de exploração do serviço (1995 a 2003); e a Agerba por transferir, em 2003, de forma irregular, o controle societário da Comab para a Kaimi Transportes e Costa Azul Empreendimento, duas empresas que não tinham capacidade econômico-financeira para honrar os compromissos firmados no contrato, o que veio a causar uma situação de caos no sistema ferry boat, que resultou na intervenção do Estado em 2004.
Durante a investigação, o Ministério Público constatou a existência de movimentações financeiras irregulares nas contas da Comab e dos empresários Marco Antônio Silveira e Antônio Thamer Butros, respectivamente sócios da Kaimi Transporte e da Costa Azul Empreendimentos. Entre as irregularidades, foi verificado que, de dezembro de 2003 a abril de 2004, cerca de R$ 4 milhões foram transferidos da conta da Comab para a dos empresários, inclusive R$ 2 milhões repassados pelo Estado da Bahia para a Comab, tendo em vista a recuperação de quatro embarcações. Na ação civil o Ministério Público requer, de forma liminar, a indisponibilidade de bens dos acusados.